اهداف این معاونت ارتقا ، گسترش وتوسعه فعالیت های پژوهشی دانشگاه می باشد.
معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در راستای رسالت این دانشگاه که همانا تأمین و ارتقا سلامت برای آحاد مردم استان چهارمحال و بختیاری است. با اقدامات زیر دانشگاه را در جهت ماموریت خویش یاری می نماید.

1- تولید دانش وارائه آن
2- اطلاع رسانی
3- توانمند سازی پژوهشگران در انجام امور تحقیقاتی
4- تأمین منابع علمی
5- فراهم آوردن شرایط وامکانات لازم به منظور تسهیل انجام پژوهش
6- تشویق به انجام تحقیقات تیمی وچند مرکزی